在不正当竞争诉讼中，存在一些难点问题，主要包括：
（1） 证据问题
在取证方面，权利人有时会遇到一定的困难，例如，在互联网上竞争对手对权利人进行诋毁的证据，稍纵即逝，不易获取；再如，对于竞争对手窃取权利人商业秘密的行为，取证也较困难。对于前者，权利人可请求公证机关对网上相关内容进行保全；对于后者，权利人可请求法院进行诉前或诉中的证据保全，为纠纷的解决打好证据基础。
（2） 赔偿数额的确定问题
在不正当竞争案件乃至于整个知识产权侵权案件中，权利人赔偿数额的确定通常有以下方法：权利人因被侵权受到的损失、侵权人因侵权获得的非法利益、参照被侵害的知识产权的合理许可使用费、定额赔偿或者法定赔偿。但在实践中，权利人的损失、侵权人的获利常常难以计算，被侵害的知识产权又未许可他人使用过，因此，如何确定一个能够合理弥补权利人的损失的赔偿额，常为诉讼中的难点。法院常常根据定额赔偿或者法定赔偿的原则，在50万元以内确定赔偿数额。在此情形下，被侵害知识产权的市场价值包括研发费用、被告侵权持续的时间、后果等情节，是法院酌定赔偿额时所考虑的因素，因此原告应向法院提供此方面的证据。
若权利人欲以被告的侵权获利来确定赔偿数额，可在诉前或诉中，请求法院对被告的相关财务帐册进行保全。